En 2001 perdió ante General Paz Juniors por 3-1 y de esa manera descendió al Torneo Argentino A, camiseta japon 2022 torneo que solo jugaría un año cuando en un desempate ante Cipolletti perdería en el tiempo suplementario por 3-2 en Río IV y en 2002-2003 vendría el peor descenso de su historia. El lunes 31 de marzo de 2003 se convirtió en el peor día de la historia de San Martín ya que cayó por penales contra La Florida de Tucumán tras terminar 0-0 en los 90 minutos y 2-2 en el global.
